Das Maximilian-Kolbe-Werk wird für seine Arbeit immer wieder ausgezeichnet. In den letzten Jahren erhielt das Werk die Preise:
2017 Saarländischer Weiterbildungspreis, Saarbrücken
2014 Deutscher Engagementpreis vom Bündnis für Gemeinnützigkeit, Berlin
2014 Helga-und-Werner-Sprenger-Friedenspreis 2014 der INTA-Stiftung, Freiburg
2014 Aggiornamento-Preis der Deutschen Katholikentage, Regensburg
2013 Wirkt-Siegel der PHINEO-Stiftung, Berlin
2010 Anton-Roesen-Preis des Diözesanrats der Katholiken im Erzbistum, Köln
2009 Aktiv für Demokratie und Toleranz des Bündnisses für Demokratie und Toleranz, Berlin
2008 Demokratie-Preis der SPD-Fraktion im Sächsischen Landtag
2008 Eugen-Kogon-Preis der Stadt Königsstein im Taunus
2007 Gegen Vergessen - Für Demokratie des Vereins "Gegen Vergessen - Für Demokratie"
2004 Marion Dönhoff-Preis der Marion-Dönhoff-Stiftung und "Die Zeit"
2001 Edith Stein-Preis des Göttinger Edith-Stein-Vereins
2000 Deutsch-Polnischer Preis der Bundesrepublik Deutschland und der Republik Polen